Antes de emitir um CTe de Substituição de tomador, verifique se o tomador do serviço (pessoa física ou jurídica) registrou o evento de Prestação de Serviço em Desacordo na Sefaz, que deve ser feito em até 45 dias.
O registro pode ser realizado neste site: Registro - Prestação de Serviço em Desacordo.
Passo 1 - Na página de lista de CTes, clique no documento que você deseja substituir o tomador.
Passo 2 - Ao acessar os detalhes do CTe escolhido, clique no botão Gerar CTe de substituição.
Passo 3 - Ao abrir uma pequena janela, clique no número do CTe ou no botão Ok.
Passo 4 - Na página de detalhes do CTe duplicado, clique no botão Editar.
Passo 5 - Na aba "Geral", selecione o novo responsável pelo frete.
Passo 6 - Na aba "Avançado", clique em Dados da carga > Substituição ative o botão indicando que o tomador está sendo alterado.
Pronto, agora é só clicar em Concluir para finalizar a emissão.